中国教育经济信息网项目在财政部、教育部直接领导下，由北京科技大学负责组织实施。财政部教科文司、教育部财务司专门成立项目领导小组，负责制订、实施中国教育经济信息网建设与发展总体目标及规划；制定中国教育经济信息网管理制度与办法；制订网络应用规划，布置、下达数据上报工作任务；审批、监督建设经费的使用和管理，对中国教育经济信息网管理中心以及省级数据采集点工作进行指导和管理；协调教育、财政系统内其他部门以及其他相关部委工作。

北京科技大学成立以校长为组长、副校长为副组长，相关职能部处负责人为成员的项目建设领导小组，并组建学校直属单位“中国教育经济信息网管理中心”具体负责项目的建设和管理工作。管理中心下设系统运行室、数据分析室、行政办公室、系统研发室以及客户服务室等部门。