单位应当根据收到的国库集中支付凭证及相关原始凭证，按照凭证上的国库集中支付入账金额，在财务会计下借记“库存物品”、“固定资产”、“业务活动费用”、“单位管理费用”、“应付职工薪酬”等科目，贷记“财政拨款收入”、“财政应返还额度”科目；同时，在预算会计下借记“行政支出”、“事业支出”等科目，贷记“财政拨款预算收入”、“资金结存——财政应返还额度”科目。单位可以对财政拨款收入按照支付资金的账户进行明细或辅助核算。

年末，保留财政国库集中支付结余按权责发生制列支地区，单位根据同级财政部门规范国库集中支付结余权责发生制列支情况，按照本年度相应预算指标数与当年实际支付数的差额，在财务会计下，借记“财政应返还额度”科目，贷记“财政拨款收入”科目；同时，在预算会计下，借记“资金结存——财政应返还额度”科目，贷记“财政拨款预算收入”科目。财政国库集中支付结余不再按权责发生制列支地区，单位年末不进行上述账务处理。